钱学森原本是国防部五院院长，可大量开会、行政琐事占满时间。他主动提出，不想当院长，希望只做技术。国家随即调整，任命他做副院长。不是降职，恰恰是最大的爱惜。不让天才耗在公文琐事，让科学家只干科学家该干的事。

1961年7月，钱学森出任国防部第五研究院科技委员会主任委员。
一个月前，聂荣臻已经要求五院保证技术指挥线畅通。7月12日，他又提出，各分院应让老专家担任技术副院长，有关技术工作由钱学森负总责。

此时，钱学森的行政职务只是副院长。

四年前，钱学森还是五院第一任院长。1957年2月18日，周恩来签署国务院命令正式任命他。五院刚成立时，一切都得从头搭起。钱学森参加技术路线设计，又参与机构建设。总体设计、空气动力、结构强度、发动机、推进剂、控制等专业陆续建立，最早参加导弹专业学习的156名大学毕业生还要由他讲授《导弹概论》。

那时五院规模还小，行政首长和技术领头人可以压在同一个人身上。
1958年5月，聂荣臻、黄克诚和钱学森还共同部署第一枚近程导弹的制造工作。钱学森既坐在院长位置，又直接进入具体型号的技术组织。

机构很快膨胀起来。

到1960年前后，五院已有大批技术干部和新毕业大学生，工厂改造、科研区和生活区建设同时展开。住房、食堂、幼儿园、人员安排、基础设施，都进入院级管理范围。钱学森除了处理导弹型号问题，还要被这些事务不断牵住时间。

另一边，导弹工作已经往自行设计推进。
弹体、动力、控制、气动力彼此牵制，一个参数变化，几个分系统都可能随之调整。总体方案要有人持续盯住，跨专业技术问题也必须有人承担最终协调。

钱学森主动提出交出院长职务，把主要精力放回研究设计。

1960年3月，五院调整的并非钱学森一个人的名次。刘亚楼兼任院长，王秉璋任副院长并主持日常工作，钱学森改任副院长，分管研究设计。院级行政有了新的负责人，技术工作仍压在钱学森肩上。

几个月后，这套分工直接进入型号任务。1960年9月，为国产近程导弹首次试飞成立试验委员会，张爱萍任主任，钱学森、王诤任副主任。11月5日，东风一号发射成功。钱学森已经离开院长位置，却没有离开试验组织和技术决策。

1961年5月，他又主持五院与中国科学院力学所的协作会议，把液体火箭发动机燃烧、导弹气动力、弹体结构强度等问题交给不同研究力量攻关。

两个月后，他担任五院科技委员会主任委员。原来压在院长桌上的生活区、工厂和行政事务逐渐由另一套领导链条承担，他的工作范围转向跨专业技术组织。

1962年3月，东风二号首次飞行试验失败。
五院随后检查研制过程，结构、控制、弹性振动等环节被重新放进整个型号系统中处理。同年11月8日，《国防部第五研究院暂行条例（草案）》颁发试行，总体设计部继续保留，行政指挥系统和设计师系统成为型号研制组织的两条主干。

人事调整到这里已经落进制度。行政系统调动人员、物资、生产和保障，设计师系统抓总体方案、专业接口和技术质量。王秉璋后来继续推动技术指挥线和行政指挥线建设，五院也逐步由专业院向型号院调整。

钱学森没有因为改任副院长而退回个人研究室。

1961年的科技委员会、五院与力学所的协作任务、型号试验委员会，都要求他把不同专业、不同单位拉到同一个技术目标下。原来属于院长的全院行政统筹离开了他，涉及导弹成败的技术协调却更加集中。

1964年6月29日，经过修改后的东风二号再次飞行试验成功。此时钱学森离开院长位置已经四年。设计修改、试制、地面试验和跨单位协作继续沿着五院逐步形成的组织体系运行。

1960年的变化确实让钱学森在行政序列上退了一格。
与此同时，刘亚楼、王秉璋接过院级行政和日常工作，钱学森随后承担科技委员会和技术总负责的任务。

五院没有用更高的官位留住他的时间，而是把那些最需要钱学森本人处理的技术问题留给了他。

到1962年，这种分工已经被写进五院的研制制度。
院长办公室有人主持，日常行政有人承担，重大技术问题沿另一条指挥线汇集。钱学森名字前面的职务变成了“副院长”，压在他手里的，却仍是导弹总体和技术组织中最难替代的那一部分。