蒋介石手下的军阀部队都是现代化美制武器装备，大部分还驻扎在偏远的西南地区。共产党军队全在日军占领区，位置有利，便于接管领土，缴获日军大量的武器装备。
蒋介石接连急令戴笠的地下游击武装阻止中共接管日军占领区。中美技术合作所的梅乐斯下令美方教官协助戴笠将军的特务组织。魏德迈曾三令五申，禁止美军参与在中共控制地区的军事行动，但梅乐斯不拿他的话当回事。他答应向戴笠的别动队提供后勤支援和武器装备，并暗下交代中美技术合作所的美方人员“携带全套无线电设备，全副武装”。他在一份绝密电报里承认是他指示这么干的，“抗命不遵，很有可能把我送上军事法庭”，于是，他令手下“叫各单位先宣誓严守秘密，后将指示烧掉”。
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新任盟军最高司令麦克阿瑟将军一到任就发布指令，要亚洲各地的日军投降，对分裂的中国给予格外关注：“苏联军队将接受驻伪满及三八线以北朝鲜地区的日军投降；在中国大陆、台湾岛和法属印度支那北部，日本军队必须向 蒋介石的代表投降，即便地面的状况使这项规定执行起来极其困难。”
不久， 蒋介石向日军下了一道特殊命令，要求他们抵抗共产党，等国民党军队来再受降。

战争结束时，处在中国这个混乱不堪的战区的美国人意识到自己陷入了奇怪的境地：中美特种技术合作所的美国人是反对共产党的，而战略情报局的几支独立行动队想尽量避免参与其中，却遇到了不可能成为盟友的部队。
战略情报局的一个装备组刚接管南京的机场，就发现共产党的军队已紧随其后，围将上来。带领装备组的少校不知怎么办，就用无线电向总部报告情况:“小日本主动提出支援我们，被我拒绝了，我们正在待命。”他说他们一定“不惜代价”避免与共产党打仗，希望“通过谈判找一条出路。”

....多年之后，谢伟思评价道：“命令日本人.....只向 蒋介石的部队投降，毫无根据，于理不通；美国派海军陆战队登陆，替国民党抢占华北的港口，也是多此一举。”

——【美】琳·乔伊纳，《谢伟思传》