国民党败退台湾后，开启权力洗牌。军统演变而来的保密局由毛人凤执掌，他不愿交出情报大权，与蒋经国多次爆发冲突，最终在台湾失势，1956 年病逝。CC 系遭打压，陈果夫留台病逝；陈立夫被迫赴美国养鸡，晚年又返回台湾定居，各方派系迎来截然不同的结局。

1950年8月4日，陈立夫离开台湾。
前一天，他到官邸告别，蒋介石没有亲自接见，由宋美龄代为会面。几天前，国民党中央已经通过改造案，中央党务机构随即进入重新调整。陈立夫这一走，CC系失去了长期居中掌握组织、人事资源的重要人物。

就在陈立夫离台前后，另一套旧系统并没有更换首脑。毛人凤仍然掌着保密局。
陈立夫离开台湾，CC系在党务改造中被压缩；毛人凤留在台湾，保密局随后被纳入更高一级的情治体系。

1949年至1955年的权力调整，对两套旧派系采用了不同办法，落到机构上却出现了同一个变化：过去能够单独向最高权力伸手的组织空间越来越小。

1949年8月22日，毛人凤曾向蒋介石呈请，为加强台湾侦防，把台湾警务处和缉私处交给保密局管理，还提出相应的人事安排。

军统改组以后，保密局承接了相当一部分情报、行动人员。
毛人凤此时没有收缩，他还试图让这套网络继续向岛内警务和缉私系统伸展。

可在一个月以前，高雄情报会议已经搭起另一套架子。

会后形成的政治行动委员会，被置于情治、宪警、戒严、保防部门之上，唐纵任召集人，蒋经国、郑介民、毛人凤、叶秀峰等都列为委员。

毛人凤代表保密局，叶秀峰连接原中统系统，郑介民联系军方情报。蒋经国已经进入这个圈子，当时却还没有在制度关系上成为毛人凤的直接上级。

1950年以后，位置开始移动。
蒋经国兼任国防部总政治部主任，又主持总统府机要室资料组。原先分别运转的情治、警务、戒严机关，被要求接受越来越集中的协调。
保密局没有撤销，毛人凤也没有让位，可它已经无法像军统时代那样，只凭一套旧人马独立运转。

毛人凤并没有安静退开。1953年，王叔铭在日记中记下毛人凤与周至柔联手牵制蒋经国。

此时毛人凤仍任保密局长，蒋经国也没有直接撤换他。
双方在人事、权限和情治主导权上的摩擦已经进入高层，可毛人凤能够守住的是职位，并不是整个情治系统原来的边界。

1954年至1955年，国防会议与国家安全局的建制逐渐完成。
1955年，保密局改称国防部情报局，并被列入国家安全局督导的情报机关。

毛人凤仍任局长，局里的人员、档案和专业工作也继续存在。
改变发生在机构上方，情报局之上出现了能够统合、督导多套情治机关的中枢，蒋经国则进入这个更高的位置。

六年前，毛人凤还在申请把警务、缉私纳入自己的系统；六年后，他自己的机构已经进入另一条指挥链。局长办公室还在，保密局时代那种独立山头的空间却被压了下去。

CC系遭遇的动作更快。
1950年国民党改造启动时，陈立夫被安排离台。陈果夫当时久病，仍留在台湾。中央改造委员会组成以后，原来围绕CC系形成的党务、人事力量受到压缩，新的党务班底开始进入中央机关。

CC旧人没有被整批清走，一部分仍留在立法院和党政机构，可陈氏兄弟过去居中连接各方的条件已经改变。国史馆相关研究也指出，CC并未消失，只是受到明显抑制。

1951年，陈果夫在台湾病逝。9月3日，其父陈其业致函蒋介石，感谢他两度临吊陈果夫，并提到不要因为家事影响陈立夫的行止。此时一个兄长已经去世，一个弟弟仍在海外，CC系原来以陈氏兄弟为中心的结构再也没有恢复。

陈立夫在美国长期居住，经营农场，养鸡也成为那段旅居生活的一部分。他离开台湾，却没有与蒋氏父子的联系完全中断。1951年，蒋经国仍处理他的护照延期，并转达蒋介石希望他研究工业问题。政治位置已经退到外围，私人和工作联系仍然保留。

毛人凤的情况恰好倒过来。他没有离开权力机关，却看着机构的上级关系一层层改变。
1956年7月，他赴美治病，蒋经国还专门致电董显光，请其照料，并允许先行垫付所需款项。9月，董显光回电，已经替毛人凤再垫一千美元。几个月后毛人凤病逝，仍挂着情报局长的职务。

陈立夫也没有永远留在美国。1959年以后，蒋经国与他的通信中多次出现返台之意。1967年10月9日，蒋经国又写信问候他的身体，希望他早日来台定居。陈立夫后来回到台湾，参加文化、教育等活动，但CC系没有重新取得大陆时期掌握中央党务资源的位置。

一个死在局长任上，一个从美国重新回到台湾；一个始终没有离开情报机关，一个曾经远离台湾十余年。两人的个人结局相差很远，身后的组织却经历了相近的变化。

毛人凤留下，情报局上面多了国家安全局；陈立夫离开，中央党务重新配置。旧人还能任职，旧关系也没有全部切断，可决定权力流向的机构次序已经换了。