抗战还没打完，钱穆就警告：不要定都南京，蒋介石没有听。
钱穆认为南京不适合做大一统王朝的长久首都。
首先南京地处江南，位置偏东南。首都在南京，全国人才、财力会持续往东南集中，西北、华北会被边缘化，国家会变成“半身不遂”，中央对北方、边疆的控制力会被削弱 。
其次，历史上定都南京的政权，难以控制整个北方，而且缺少战略纵深。
​最后他提议定都西安，北平做陪都。政府在西北，能够培养务实、开阔的立国精神，避免江南浮华奢靡风气侵蚀政治中枢。
但蒋介石执意还都南京，南京是孙中山定下的首都，又是江浙财阀大本营，迁都西安的巨大建设成本也难以承受。1946年国民政府正式还都南京，钱穆的建言没有被采纳。
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