海南军区属于广州军区、海南行政区双重管理{海南建省前}。海南军区正军，海南行政区是广东省辖副省级。在军事上海南军区隶属于广州军，同时实行军事系统与地方党委双重领导制度，接受海南行政区党委政府领导（党管武装）。

广州军区垂直军事领导主业、作战指挥、军队编制、调动、战备、干部任免。海南军区建制隶属广州军区。海防作战、部队调动、军事训练、装备、作战指挥权归广州军区。

地方党委领导只是党管武装，侧重民兵、兵役、国防动员、军地协调、地方党务。

海南军区是海南行政区党委的军事工作部门；海南行政区党委书记兼任海南军区党委第一书记（第一政委），统筹军民关系、民兵建设、支前、抢险救灾等军地协同工作。

简单概括：打仗、部队调动听广州军区；民兵动员、地方双拥、协调地方事务服从海南行政区党委政府。

1954–1988，海南行政区时期
1955年后，海南军区长期隶属广州军区；
按照1958年关于加强地方党委对军队的领导文件，三级军区海南军区属于三级军区执行双重领导；

当时海南岛行政归属广东省，海南行政区党委是海南岛本地最高地方党委，履行对海南军区的党管武装领导；

 1988年海南建省：海南行政区撤销，领导主体变为中共海南省委，体制不变；2004年海南军区更名海南省军区。


海南军区建制隶属于广州军区，同时实行军事系统与地方党委双重领导，接受海南行政区党委政府领导。


副省级海南行政区地方国防事务中要管正军级海南军区{同厅级}。