徐巧芯对日菲在台湾东部海域划界表达的立场有着“两面性”。
她一方面强烈抗议日菲无视台湾东部海域的海权和渔权，并谴责民进党当局的无能无为，拱手想让这块海域变成日本的地盘。但另一方面却对中国海警出面也表示不满，认为不是大陆的事。
徐巧芯前一方面是对的，但后一方面却是间接地把大陆与台湾分开。即然认同两岸同属一个中国，台湾当局不去管，大陆难道不应该去管吗？
对大陆出动海警，东部的渔民普遍叫好。台湾民众也拍手称赞。除那些绿媒外，台湾的媒体人都给予了高度肯定，但徐巧芯还不能正确看待这一事件，多少让人有些遗憾和气愤。