1908年，慈禧太后死后，李莲英便失去了最大的靠山，为慈禧守孝100天后，李莲英向垂帘听政的隆裕太后请辞，去南花园养老，后来又搬到棉花胡同的家中，与四个嗣子和自己的兄弟生活在了一起。
 
1908年10月22日，慈禧太后在西苑仪鸾殿病逝，李莲英在宫中失去了唯一的靠山，他在宫里当差52年，从普通太监做到总管太监，所有权势都来自慈禧的信任，慈禧一死，他的地位彻底动摇。
 
慈禧去世后，李莲英奉隆裕太后懿旨，全程参与处理慈禧的丧事，按照宫廷规矩，他为慈禧守孝100天，这期间他留在宫中，打理慈禧身后相关事宜，行事格外谨慎，不敢有半点差错。
 
1909年2月初，守孝期满，李莲英正式向垂帘听政的隆裕太后提出请辞，想要离开皇宫养老。
 
请辞时，他把慈禧历年赏赐的七大捧盒珍宝全部上交，说这些都是皇家财物，自己不敢私藏，如今年老体衰，只求出宫安稳度日。
 
隆裕太后念他侍奉慈禧半生，忠心耿耿，最终批准了他的请求，还允许他保留原薪，出宫为民。
 
离开紫禁城后，李莲英先去了南花园养老，南花园在故宫西华门外，是皇家园林，环境清幽，之前是宫廷戏班驻地，园内有花卉树木和暖室，适合居住，在这里，他仍有几名太监伺候，日常吃斋念佛，极少外出，避开宫廷里的权力争斗。
 
住了没多久，李莲英觉得南花园虽是皇家地界，但往来人员杂乱，容易招惹是非，于是决定搬到自己的私宅，这处私宅在北京棉花胡同，是慈禧早年赏赐给他的，是带花园的四合院，房屋规整。
 
搬到棉花胡同后，李莲英彻底闭门谢客，平时很少踏出院门，他过继了四个嗣子，都是他兄弟的儿子，还有几个兄弟也常来家中同住，一家人日常相处，生活起居都由家人打理。
 
晚年的李莲英行事极为低调，不再过问宫外的事，他心里清楚，自己在宫中当差多年，难免得罪过人，如今没了权势，必须小心谨慎。
 
平日里除了和家人相处，就是待在房中静坐，不再参与任何外界事务，直到1911年2月去世，始终安稳待在棉花胡同的家中。