两江总督马新贻被刺身亡后，慈禧派曾国藩参与调查。曾国藩态度微妙，敷衍了事，有官员密报慈禧：“要是再查下去，大清就完了。”

溯案件根源，核心矛盾在于湘军集团的过度崛起与清廷的集权制衡。

太平天国运动被平定后，湘军成为晚清最强大的地方武装力量，曾国藩及其麾下将领，凭借战功盘踞江南数省，垄断当地赋税、军务与人事任免权，俨然形成独立于朝廷的地方势力。

慈禧太后为巩固皇权、削弱湘军势力，打破湘军把控两江的格局，特意提拔中立官员马新贻坐镇两江总督要职。

马新贻是清廷安插在湘军腹地的一枚关键棋子，肩负着削弱湘军、回收地方权力的核心使命。

上任之后，他毫不避讳，果断推行各项制衡举措，不仅大力精简湘军队伍、淘汰冗余兵员，还严查湘军在战争期间劫掠、私藏的巨额金银财宝，同时整顿江南吏治，肃清湘军派系的盘踞势力。

一系列强硬举措，直接切断了湘军集团的利益命脉，让湘军上下对其恨之入骨。

在尖锐的利益冲突下，针对马新贻的暗杀计划悄然落地。

案发之后，地方官府立刻抓捕凶手展开审讯，但审讯结果疑点重重，凶手供词颠三倒四、逻辑混乱，诸多细节无法自圆其说，足以证明案件背后另有主谋、绝非个人复仇。

但碍于湘军庞大的势力威慑，基层官员无人敢深究幕后真相，只能仓促结案，将案件定性为私人仇杀，潦草应付朝廷。

面对漏洞百出的结案报告，慈禧深知其中猫腻，为查明真相、挽回皇权颜面，她紧急下旨，令功勋卓著、深谙湘军内情的曾国藩重返江宁主持重审，同时派遣刑部尚书郑敦谨协同办案，防止案件再度敷衍了事。

出乎意料的是，本次主审的曾国藩全程态度冷淡、消极拖沓，办案节奏极其缓慢，从不主动核查案件疑点，刻意回避所有与湘军相关的线索，全程敷衍搪塞。

朝堂之中，不少资深官员看清了局势的凶险，私下密报慈禧，发出重磅警示：刺马案不能再查，深究下去只会动摇国本，葬送大清江山。

这番话绝非危言耸听，当时湘军势力根深叶茂，遍布江南军政各界，一旦彻底彻查，必然引发湘军集团集体反扑，爆发内乱。内忧外患的晚清根本无力应对这场动荡，最终只会江山倾覆。

老谋深算的曾国藩早已看透这层利弊，他清楚深究案件的代价是天下大乱，因此刻意维持模糊的案情结论，力主沿用初审结果结案。

即便有钦差大臣协同监督，也无力扭转局面，最终只能选择妥协退让。清廷权衡利弊后，为维稳大局，只能放弃追查真相，官方敲定最终结果：张汶祥系太平军余部、勾结海盗，因私怨刺杀朝廷重臣，无幕后同伙与主谋。

最终，张汶祥被凌迟处死，以惨烈的方式伏法，案件盖棺定论。

这场草草收场的刺杀案，看似只是一桩官员遇刺的刑事案件，实则是晚清权力格局失衡的标志。

自此之后，清廷失去了对地方强势派系的制衡能力，朝廷权威持续衰落，地方督抚拥兵自重、权力渐盛，晚清朝廷弱、地方强的政治格局正式定型，为后续清末军阀割据、王朝覆灭埋下了伏笔。